در 7 آبان، دفتر خامنه‏اى اطلاعيه صادر كرد و در آن، گزارش را در مورد تعيين داور و رأى او، تكذيب كرد. در پاسخ به اطلاعيه، 8 آبان، سايت امروز، اين توضيح را انتشار داد:
"صدور اطلاعيه دفتر مقام رهبرى، در زمينه عدم حكميت بين وزارت اطلاعات و قوه قضاييه و دفاع صريح آقاى حداد عادل از قاضى مرتضوى نشانه آن است كه مقام رهبرى در صدد حمايت همه جانبه از آقاى مرتضوى است.
يك فعال سياسى، با بيان نكته فوق، گفت: قبلا گفته شده بود كه مقام رهبرى از ميان پنج نفرى كه براى دادستانى تهران پيشنهاد شده‏بود، قاضى مرتضوى را برگزيد. اما انتظار نمى‏رفت تحت هر شرايطى به نفع وى موضع گيرى كند. حتى پس از آنكه آقاى خوشوقت، برادر عروس مقام رهبرى، مطالب كذب آقاى مرتضوى را بيان كرد. وى افزود: گفته مى‏شود آيةالله خوشوقت، قبل از صدور اطلاعيه قوه قضاييه، بين وزارت اطلاعات و قوه قضاييه حكم شده و حق را به وزارت اطلاعات داده‏است. اگر غير از اين است، دفتر رهبرى اعلام كند چه كسى مسئول رسيدگى به اين پرونده شد و نام وى چيست؟ اين فعال سياسى گفت: در دفتر رهبرى همه بسيج شده‏اند تا به هر شكل از قاضى مرتضوى حمايت كنند و توجه به پيامدهاى آن ندارند. اميدواريم گزارش دوم كميسيون اصل 90 به زودى منتشر شود و اسامى ضاربان خانم كاظمى مشخص شود.
انقلاب اسلامى: بدين قرار، خشوقت برادر عروس خامنه‏اى است. "آية الله" خشوقت پدر عروس او و ميان واواك و "قوه قضائيه" داور بوده‏است. بديهى است دفتر خامنه‏اى پاسخى به امروز نداد.
در 7 آبان، احمد ناطق نورى، در مجلس ملاتاريا گفته‏است: اگر كميسيون اصل 90 از آزادى مردم و جان آنها دفاع مى‏كند، چرا در خصوص مرگ جوانى كه در كانادا كشته شد و يا بازداشت مستند سازان ايرانى توسط نيروى هاى آمريكا و مشكلات عامه مردم تحقيق نمى‏كند؟ قرائت گزارش كميسيون اصل 90 در مجلس وجاهت قانونى ندارد. اين پرونده از مشكلات عامه مردم نيست و جامعه را به تنش مى‏كشاند. من در اينجا عرض مى‏كنم كه آب به آسياب دشمنى نريزيد.
در انگليس، مشاور امنيتى پارلمان را كشتند ولى رسيدگى به پرونده را متوقف كردند. ولى پرونده اين خبرنگار هر روز در نطق‏هاى پيش از دستور و سخنرانى‏ها مطرح مى‏شود.
ناطق نورى با اشاره به اينكه اين اقدام چوب حراج به ملت خود زدن است گفته است: ضمن اينكه اقدام بدى بوده‏است كه صورت گرفته، ولى قرائت اين گزارش را به مصلحت كشور نمى‏دانم و از شما مى‏خواهم آن را از دستور خارج كنيد.
در اين هنگام، فاطمه راكعى، "نماينده" تهران، به صحبت‏هاى ناطق نورى، اعتراض مى‏كند.
در 9 آبان، امروز اطلاع داد:

دفاع رئيس فراكسيون اقليت مجلس (آقاى حداد عادل كه ضمنا پدر عروس مقام رهبرى است) و دفاع آقاى احمد ناطق نورى كه برادرش مشاور عالى مقام رهبرى است، از قاضى مرتضوى و صدور اطلاعيه دفتر رهبرى و تلاش براى عدم درج گزارش كميسيون اصل 90 در روزنامه‏ها، حمايت قاطع رهبرى را از قاضى مرتضوى به نمايش گذاشت و در اين زمينه حتى به سخنان آقاى خوشوقت، برادر عروس ديگر مقام رهبرى، توجه نشد. يك فرد آگاه با بيان مطلب فوق به سايت امروز گفت: مقام رهبرى قاضى مرتضوى را قاضى شجاع، متدين و قاطع مى‏خواند. شايد به همين دليل باشد كه پرونده تخلفات آقاى مرتضوى، در دادسراى انتظامى قضات، راكد مانده‏است و كسى جرأت برخورد با قاضى مرتضوى را ندارد. كروبى، در پاسخ به ناطق نورى، گفته‏است: يك مساله غلطى رخ داد و از نظر حيثيتى به كشور آسيب زد كه در آن بحثى نيست. اين موضوع در سطح جهان مطرح شده و قبل از مجلس هم انعكاس يافت.
همه گروه‏ها و گرايشهاى سياسى و مسوولين خواسته‏اند كه موضوع روشن شده و مسببين اين قضيه به مردم معرفى شوند. شما هم مثل من فكر مى‏كنيد و رنج مى‏بريد. ولى اين مساله به كميسيون ارجاع شده‏است و كميسيون نظرى دارد كه بايد مطرح شود.
بعضى مسوولين خواستند قرائت پرونده به تأخير بيافتد. هيات رييسه هم تصويب كرد. اما حالا گفتند خوانده شود. نظام استحكام و قدرت دارد و قرائت اين گزارش تضعيف نظام نيست. ضمن اينكه ما رنج مى‏بريم و كار بدى صورت گرفته‏است.. استدعا دارم عوامل و افرادى كه مسوول هستند معرفى شوند تا قضيه خاتمه يابد و چهره كسى مخدوش نشود.
بدستور حجازى، عضو چند وظيفه‏اى سازمان ترور، و نيز قاضى سعيد مرتضوى، مطبوعات از درج گزارش كميسيون اصل 90 ممنوع مى‏شوند. در 8 آبان، سايت رويداد، در باره سانسور گزارش و دستور دهندگان، اين اطلاع را انتشار داد:
يك روز پس از قرائت گزارش كميسيون اصل 90 در صحن علنى مجلس كه در آن مسؤوليت اصلى قتل زهرا كاظمى متوجه سعيد مرتضوى، دادستان عمومى و انقلاب تهران بود، صفحات اول اغلب روزنامه‏هاى اصلاح طلب رنگ و بويى از گزارش مذكور نداشت. ضمن آنكه به جز روزنامه ياس‏نو، هيچ روزنامه‏اى متن كامل گزارش را درج نكرده بود. در اين باره، خبرنگار رويداد كسب اطلاع كرد كه مرتضوى، در تماس با مديران مسؤول روزنامه هاى اصلاح طلب، از آنها خواست از درج گزارش كميسيون خوددارى كنند. وى به عنوان "توصيه" گفته كه گزارش را به همراه پاسخ وى درج نمايند. وى همچنين تهديد كرده هر روزنامه‏اى كه اين مطلب را درج كند، تعطيل مى‏كند. و حتى در اين مورد نام ياس‏نو را هم برده است. ظاهرا يكى از روزنامه‏ها در پاسخ گفته است: صفحات ما به چاپخانه ارسال شده است. در پى آن، از دفتر رهبرى با اين روزنامه تماس گرفته و دستور عدم درج گزارش داده مى‏شود. در مورد روزنامه ياس‏نو نيز ظاهرا مرتضوى تلاش بسيارى براى تماس با مديران روزنامه داشته كه موفق نشده است. اقدام دادستانى و بيت رهبرى در حالى انجام مى‏گيرد كه طبق قانون اساسى و قانون مطبوعات، هيچ مقامى حق ندارد مطبوعات را به چاپ مطلبى مجبور و يا از چاپ مطلبى باز دارد.
در 15 آبان، سايت امروز، گزارش كرده‏است:

هيأت سه نفره محسنى اژه‏اى، الهام و رئيسى براى قضاوت در باره ادعاهاى دادستان تهران و وزارت اطلاعات حكم به محكوميت وزارت اطلاعات و تبرئه آقاى مرتضوى خواهد داد.
يك نماينده مجلس به سايت امروز گفت: با توجه به مواضع دفتر رهبرى در دفاع مطلق از دادستان مرتضوى، يقيناً هيأت مسأله را به ضربه مغزى خانم كاظمى منحصر و آقاى مرتضوى را تبرئه خواهد كرد. وى افزود: گزارش كميسيون اصل 90 و پاسخ دادستانى ثابت كرد كه برخلاف ادعاى مسئولان قضايى، در زندان‏هاى ما شكنجه وجود دارد و افراد با اتهامات واهى بازداشت و بدون هرگونه مدركى اتهام جاسوسى به متهم وارد مى‏كنند... وى در خاتمه تأكيد كرد: دفتر رهبرى تاكنون از ارائه توضيحات لازم در باره فردى كه به حكميت بين وزارت اطلاعات و قوه قضاييه تعيين شد و ظاهراً حكم به ضرر قاضى مرتضوى صادر كرد، خوددارى كرده است. انقلاب اسلامى:در 12 آبان، پاسخ مرتضوى انتشار يافت. در شماره آينده آن را نقل و نقد مى‏كنيم.